传染病大流行通常引发全球广泛的公共卫生应对行动，包括疫苗接种、公共卫生干预、国际旅行限制和病毒监测等措施，然而其定量作用一直难以厘清。近年来微生物组学数据和人群行为大数据发展，则为深入理解干预行为与病原体谱系的生态过程提供了前所未有的机会。

研究使用1300余万条病原基因组序列，结合了全球63个国家的公共卫生和社会措施、国际旅行、疫苗覆盖率和流行病学病例数据集，探索病原谱系多样性以及病例增长速度与疫苗接种、国际旅行和公共卫生和社会措施之间的关联。

研究表明，在考虑了公共卫生和社会措施、国际旅行、先前感染病例的自然免疫以及免疫衰退之后，病例增长率与校正后的疫苗覆盖率之间存在负相关关联，这表明疫苗推广可以有效地减缓疫情的增长。此外，研究还观察到毒株谱系多样性与疫苗推广之间存在复杂关系：当疫苗覆盖率处于低和高水平时，毒株谱系的香农多样性指数与疫苗覆盖率之间存在显著的负相关关系，但在疫苗覆盖率的中等水平上二者的关联不显著。同时，研究首次定量发现干预行为与病原多样性降低存在关联（图1）。

研究以 “Association of vaccination, international travel, public health and social measures with lineage dynamics of SARS-CoV-2”为题于2023年8月发表在PNAS。研究由全球变化与公共健康研究中心、遥感科学国家重点实验室、生命科学，以及剑桥大学、鲁汶大学、波士顿大学、波士顿儿童医院、南安普顿大学、军事医学科、中山大学、哈佛大学医和奥斯陆大学共同完成。北京师范大学博士生杨岭月、王增淼助理研究员和剑桥大学王林助理研究员为共同第一作者，田怀玉教授、军事医学科杨瑞馥研究员和奥斯陆大学Nils Chr. Stenseth教授为共同通讯作者。

遥感科学国家重点实验室设立疫情专项，一流学科培优行动“全球变化与公共健康”以及北京高校高精尖学科“陆地表层学”对研究进行了支持。

论文链接：https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2305403120

图1 干预行为与毒株谱系多样性、丰富度和均匀性的关联